Durante il medioevo, la parrocchiale di Molina era Santa Margherita; nei secoli seguenti, a causa dello spostamento degli abitanti verso monte, fu costruita un’altra chiesa, dedicata a Sant’Antonio abate, più facilmente raggiungibile in quanto situata in una posizione più centrale rispetto al paese. Questo edificio non corrisponde all’attuale: nel corso del XVII secolo fu abbandonato, probabilmente perché divenuto insufficiente per ospitare tutti i fedeli, e sostituito da un altro, terminato nel 1703, dopo lavori durati alcuni decenni.
Nel 1619, Santa Margherita non era più la chiesa parrocchiale di Molina: ciò è testimoniato dal documento di divisione delle parrocchie di Lemna e Molina; il privilegio era stato spostato alla chiesa di Sant’Antonio.
